技術(shù)知識(shí)
蛋白質(zhì)組學(xué)研究,樣本準(zhǔn)備知多少?
俗話說(shuō)好的開(kāi)始是成功的一半,要想實(shí)驗(yàn)成功,除了要有好的idea,樣本采集和預(yù)處理也至關(guān)重要。那么蛋白質(zhì)組學(xué)研究中應(yīng)該如何處理樣本呢?今天咱們就來(lái)聊聊蛋白質(zhì)組學(xué)研究中那些常見(jiàn)樣本的準(zhǔn)備!
動(dòng)物篇
取新鮮組織,剔除血管、脂肪、結(jié)締組織等與研究無(wú)關(guān)的干擾組織;
用生理鹽水或PBS清洗血漬和污染物,用無(wú)塵吸水紙吸去表面液體;
將組織剪切成邊長(zhǎng) 0.5 cm 小塊或 100 mg 左右小塊;
將組織塊用液氮速凍5 min以上,并于-80℃保存。
腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等常規(guī)動(dòng)物組織,定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量>200 mg;修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量>500 mg。
植物篇
地上部分在樣本離體前用無(wú)菌水清洗雜質(zhì),水干后采集樣本;地下部分在樣本離體后,用預(yù)冷的PBS清洗雜質(zhì),無(wú)塵紙吸干后采集樣本;
去除非目標(biāo)組織及衰老、霉變等干擾部分;
樣品剪切成小塊,錫紙包裹或放入凍存管中;
將組織塊液氮速凍5 min以上,并于-80℃保存。
幼嫩的根、葉、花、愈傷組織等常規(guī)植物組織,定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量>1g;修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量>2 g。
血液篇
血漿樣本
使用EDTA抗凝劑和蛋白酶抑制劑的血常規(guī)管采集血液;
輕輕地上下顛倒混勻 8-10 次;
立即4℃,1600 g離心 10 min;
用移液器將血漿轉(zhuǎn)移到離心管中,加入蛋白酶抑制劑,混勻,瞬時(shí)離心。
血清樣本
使用真空采血管收集血液;
輕輕地上下顛倒混勻5-6 次;
4℃,靜置15-30 min;
4℃,1600 g離心10 min;
用移液器將上層淡黃色血清轉(zhuǎn)移到離心管中,加入蛋白酶抑制劑,混勻,瞬時(shí)離心。
血漿/血清樣本,定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量>500 ul。
細(xì)胞篇
貼壁細(xì)胞
細(xì)胞培養(yǎng)至覆蓋度70-90%;
去培養(yǎng)基,培養(yǎng)皿用10 ml PBS洗3次,培養(yǎng)皿倒扣,將液體控干;
培養(yǎng)皿置于冰上,胰蛋白酶消化后,加入PBS懸浮細(xì)胞;
收集到15 ml離心管中,4℃,400 g-1000 g離心5-10 min,去PBS;
1 ml PBS重懸細(xì)胞后轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管;
再次用上述條件離心,盡可能將上清去除干凈;
用適量PBS重懸,液氮速凍,并于-80℃保存。
懸浮/貼壁細(xì)胞,定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量>1×107個(gè)細(xì)胞或體積>50ul細(xì)胞沉淀;
磷酸化蛋白質(zhì)組推薦送樣量>5×107個(gè)細(xì)胞或體積>200ul細(xì)胞沉淀;
乙酰化、泛素化蛋白質(zhì)組>1×108個(gè)細(xì)胞或體積>500ul細(xì)胞沉淀。
<p style="font>微生物篇
離心法或其他方法分離菌和培養(yǎng)基;
收集菌體到15 ml離心管,用10 ml PBS洗3次;
用1 ml PBS 重懸菌體,轉(zhuǎn)移到1.5 ml離心管中離心,用槍頭吸去上清,記錄菌的濕重或體積;
用適量PBS重懸,每管100 ul分裝,液氮速凍,并于-80℃保存。
微生物菌體,定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量濕重>100mg或體積>100ul;修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量濕重>300mg或體積>300ul。
膠點(diǎn)膠條篇
膠點(diǎn)膠條
膠點(diǎn)/膠條或者泳道皆可,推薦考馬斯亮藍(lán)染色,要求條帶清晰,無(wú)降解。
IP / Co-IP / Pull-down樣本
蛋白洗脫液要求蛋白總量>5ug,蛋白溶液進(jìn)行SDS-PAGE電泳,下方兩種電泳方式任選其一即可。
蛋白洗脫液,跑分離膠5cm(不含濃縮膠的SDS-PAGE),切下5cm膠條,放入1.5ml離心管中。
蛋白洗脫液,跑SDS-PAGE標(biāo)準(zhǔn)的膠,切下目標(biāo)條帶即可,放入1.5ml離心管中。
考慮到動(dòng)物、植物、細(xì)胞、微生物、膠點(diǎn)膠條大家關(guān)注度較高,今天小編就先為大家介紹到這里,如果你手上有更加棘手的特殊樣本,不知道如何處理,也可以給小編留言!分享完常見(jiàn)樣本的采集和預(yù)處理,下期將會(huì)給大家整理不同類型樣本蛋白質(zhì)提取方法,敬請(qǐng)關(guān)注www.jx921.net~